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第三類接觸指人類與外星人進行直接接觸。
在索諾蘭沙漠中，克勞德·拉康姆和大衛·勞克林與其他科研員一起發現了失蹤的二戰飛機，讓他們大跌眼鏡的是，機身完好如初、引擎運轉正常，可飛行員卻不見蹤影。
據印第安納州的印第安納波利斯空管中心報告，兩架班機在ＵＦＯ附近失蹤。
在曼西市，３歲小男孩巴利被自動執行的玩具帶出家門，他的母親吉莉安在後面緊追不捨。
在一次大範圍停電事故中，印第安納州的電力公司巡查員羅伊·尼亞里發現了不明飛行物，並被神秘光團籠罩，羅伊對ＵＦＯ的痴迷讓他的妻子驚慌不已。
羅伊的眼前閃現出怪異影像，他開始動手製作微縮模型，那是一個他從未見過的獨特山丘。吉莉安也被畫有奇特山丘的圖片深深吸引。不久之後，吉莉安親眼目睹從天而降的ＵＦＯ綁架了她的兒子。當羅伊的妻子羅妮決定帶著三個孩子離他而去時，羅伊在電視新聞中看到了他手中模型的原型，那竟是懷俄明州的魔鬼塔國家紀念碑。和羅伊一樣，很多人都看到了那似曾相識的地點，於是不由自主的趕赴那裡。
在世界其他地區，ＵＦＯ的活動也愈加頻繁起來。
拉康姆和勞克林同其他專家一起展開調查，勞克林認出了來自外層空間的訊號，訊號是一組直指魔鬼塔的地理座標。美國軍方疏散了當地居民，謊稱火車事故導致神經毒氣洩漏，而實際上，他們是在為ＵＦＯ著陸做準備。
空中開始出現大群ＵＦＯ，龐大的母船隨即降落，多年來的失蹤者重返地球，兩種文明達成了和平諒解，而登上飛碟的羅伊成為了地球大使。經過一番友善的交流之後，外星人的飛碟消失在夜空之中。